第一个抉择：
X是个虚伪的人。他口头上总说着，要为这个世界做点贡献。但要想做更大的贡献，就要有足够多的本钱，所以一定要先成功才行。DWAYNE曾经和他很铁，对他也很忠诚。但他开始觉得DWAYNE对他了解的太多，是他的绊脚石，想彻底让他消失。或许DWAYNE入狱就是他一手策划的，游戏里没有说。但DWAYNE出狱时X感到很意外也很懊恼。X一开始觉得他有些对不住DWAYNE，所以让主角去帮D。直到DWAYNE破坏了他的夜总会，此时这一点点的怜悯也消失了，只剩下了杀意。DWAYNE察觉到了这个杀意，于是也只好来拜托NIKO。DWAYNE总觉得生活让人绝望，但还没有绝望到不想活了的地步。
如果选择杀D，最终他将惨死在家中。他已经被一切背叛，被曾经的朋友背叛，被女人背叛，最后还要被NIKO背叛；已经没有任何理由活下去了。所以他最后甚至都没有反抗。NIKO杀他的时候也很不忍，游戏里甚至做了一些艺术处理。杀完DWAYNE后，X会痛骂NIKO，说NIKO杀了他最好的兄弟，是个冷血变态无情的杀手，不想再和这种人保持关系。然后扔给主角一大笔钱让主角滚蛋。主角于是也被抛弃了。而如果选择杀X，X留下了一栋公寓。NIKO对D说：这本该是你的，你搬到这里来住吧。DWAYNE说：还是你留着吧，我住这里的话会让我经常想起那孩子（X）的。你愿意和我保持联系吗？我剩下的朋友已经不多了。于是NIKO成为了DWAYNE的朋友。这个选择是关于良心的抉择。
第二个抉择：
FRACIS是个伪善者。他作为警察，打着除暴安良的口号，实际上只是想洗脱自己的罪名。表面大义凛然，实则卑怯阴险。任何知道他内情的人都要死。最后甚至到了自己的兄弟DERRICK身上，只因为他在记者面前提到了他的家庭构成，提到了FRACIS。而DERRIK过的也不怎么样，吸毒，绝望，主角帮他的时候他还老说“我们是一样的，我们其实是一样的。”最后这两个人中有一个要死；一个是可怜虫DERRIK，一个是奸诈的FRACIS。这是关于所谓正义的抉择。
第三个抉择：
当NIKO见到了多年以来一直寻找的仇人，他却犹豫了。他早已厌倦了这一切，厌倦了充满欺骗、背叛与伤害的生活。找到那个人，这是多年来支撑他的信念。他经历了十年的风雨，每一天都在拼搏，置自身安危于不顾，做了无数违背自己良心的事，这一切的一切都是为了找到那个人。但当这个人最终出现的时候，NIKO却动摇了。这个人过的并不自在；这十年来他背负的精神枷锁不压于NIKO；他也渴望着被拯救，渴望结束这一切。在这里，NIKO直面自己的内心，十年的奋斗在这一刻变得虚幻起来。杀了他，意味着一切的结束，而对NIKO自己，不过是在充满伤痕的心灵上再增加一道无法磨灭的裂口。而放走他，NIKO将得到救赎，但这十年将变得失去意义。无论杀还是放，NIKO都将迎来一个新的开始，曾经的价值观一去不复返。这时的NIKO才开始对生活有了向往和期待。这是关于拯救的抉择。
第四个抉择是最终的抉择。
面对夕日背叛自己的人，NIKO拿不定主义。KATE和ROMAN给了截然相反的两个意见；KATE说：你不是正要开始拯救自己的灵魂么？果断地结束这一切吧。ROMAN说：怨怨相报何时了？忘掉过去的恩怨吧，这样对你没好处。好好做你的生意，做完赶紧退出来不就好了？
这一次的抉择包含了很多复杂的感情，绝不仅仅是钱和复仇。NIKO一遍又一遍地问自己的灵魂；怎么做才是对的？自己是怎么走到这一步的？来自由城的目的是什么？今后又要做什么？ROMAN和KATE，谁对你更重要？答案永远是那么遥远。最终结果通过关的朋友都知道，NIKO更在乎谁的意见，谁就会死。最后NIKO为死者报了仇，游戏就突然结束了，NIKO将带着满腔的悔恨继续在自由城生存。接下来NIKO将何去何从？游戏里没有说。不过选择听ROMAN的话去收钱，最后ROMAN被杀，NIKO在去报仇的路上说的话我印象很深。“这么多年来，我一直追踪着多年的仇人，这个想法占据着我的内心，吞噬了我所有的人性。我伤害了那么多人。”
“我将不会再让这些事情重演，对我，对MALLORIE，对所有爱着ROMAN的人。我要找到PEGRINO和DEMITRI，亲手结束这一切。这是最后一次了。”“来到自由城，ROMAN接应了我，给了我安顿的地方。”“由于我的到来，他的事业毁了，他的房子被付之一炬，而我报以他的仅仅是一串诅咒。”“他被威胁，被绑架，被枪伤，我毁了他的生活。我早该想到，任何接近我的人都会受到伤害。”LITTLE JACOB说道：“在听说你要来自由城之后，ROMAN一直和我谈论着你。如果不是因为听说你要来自由城，他应该已经回到欧洲去了。你知道，这就是他的方式。他一直关爱着你。不要忘了他。”NIKO的感情终于爆发了，剧情也在这一刻达到了高潮，兄弟之间的感情得到了升华。这个傻呵呵的ROMAN，或许平日里只是个被NIKO鄙视的对象。
但他毕竟是NIKO在陌生的美利坚唯一的亲人。他用他的方式支持着NIKO，关心着NIKO。在前期VLAD的任务里，ROMAN就已经觉得NIKO总是闷闷不乐，于是跟NIKO说，如果你有什么想说的，尽管找我，我会顷听你的想法。那时NIKO没把他当回事；但事实上，ROMAN才是最理解NIKO的人。
无论NIKO的选择是什么，最终总会有牺牲。这是印证“迟早要还的”这句话，NIKO所应得的惩罚，还是NIKO想要回归他所期待的生活，所应付出的代价呢？这个代价在NIKO的心中刻下了深深的悔恨，不知NIKO今后将会怎样活下去？或许也只能象ROMAN那样，将过去埋藏于内心，用希望麻醉自己，正如他所说的：“我们终于可以去赚钱了……自由的。”NIKO自由了吗？在revenger's tragidy任务中，NIKO在自由女神像下杀死了DEMITRI，但ROMAN已经回不来了。
后来MALLORIE打来电话，说她怀上了ROMAN的孩子。NIKO说，不用为这个孩子的将来操心了。这句话的意思，是这个孩子可以自由地成长，不再会活在黑道世界的阴影下，还是说他将代替ROMAN来抚养这个孩子呢？或许孩子将会带来新的希望；自由城的故事仍在继续……
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